納税者が平成１１年分の所得税の確定申告において勤務先の日本法人の親会社である外国法人から付与されたストックオプションの権利行使益を一時所得として申告したところ，同権利行使益が給与所得に当たるとして増額更正がされた場合において，(1)外国法人である親会社から日本法人である子会社の従業員等に付与されたストックオプションに係る課税上の取扱いに関しては，法令上特別の定めが置かれていないところ，課税庁においては，かつて，上記ストックオプションの権利行使益を一時所得として取り扱い，課税庁の職員が監修等をした公刊物でもその旨の見解が述べられていたこと，(2)課税庁においては，平成１０年分の所得税の確定申告の時期以降，上記の課税上の取扱いを変更し，給与所得として統一的に取り扱うようになったが，その変更をした時点では通達によりこれを明示することなく，平成１４年６月の所得税基本通達の改正によって初めて変更後の取扱いを通達に明記したこと，(3)上記ストックオプションの権利行使益の所得区分に関する所得税法の解釈問題については，一時所得とする見解にも相応の論拠があったことなど判示の事情の下では，納税者が前記権利行使益を一時所得として申告し，同権利行使益が給与所得に当たるものとしては税額の計算の基礎とされていなかったことについて，国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」がある。
納税者が平成１１年分の所得税の確定申告において勤務先の日本法人の親会社である外国法人から付与されたストックオプションの権利行使益を一時所得として申告したことにつき国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとされた事例
国税通則法65条1項，国税通則法65条4項，所得税法28条1項，所得税法34条1項
判旨
国税当局の長年にわたる継続的な指導とは異なる解釈が最高裁で示されたことにより、従前の取り扱いに従った納税者の過少申告に「正当な理由」（国税通則法65条4項）が認められると判断された事例。
問題の所在（論点）
国税当局の継続的な指導・見解に従って所得区分を決定し申告したものの、後にその解釈が裁判所により否定された場合、過少申告につき国税通則法65条4項の「正当な理由」が認められるか。
規範
国税通則法65条4項にいう「正当な理由」がある場合とは、真に納税者の責めに帰すべきでない客観的な事情があり、過少申告加算税を課すことが不当または酷と認められる場合をいう。具体的には、申告当時、その所得の性質等に関し、当局の公表した見解が裁判所によって変更されるなど、納税者が当局の解釈に従うことがやむを得ないと認められる事情の有無により判断すべきである。
事件番号: 平成18(行ヒ)295 / 裁判年月日: 平成19年7月6日 / 結論: その他
納税者が平成１２年分の所得税の確定申告において勤務先の日本法人の親会社である外国法人から付与されたストックオプションの権利行使益を一時所得として申告したところ，同権利行使益が給与所得に当たるとして増額更正がされた場合において，次の(1)〜(3)などの判示の事情の下では，納税者が同権利行使益を一時所得として申告し，同権利…
重要事実
納税者は外資系企業の日本法人に勤務し、米国の親会社から付与されたストックオプションを行使して多額の利益を得た。当時、国税当局は通達等により、この利益を「一時所得」として申告するよう長年指導しており、公的資料や確定申告の手引でもその旨が明示されていた。納税者はこれに従い一時所得として適法に申告した。しかし、後に最高裁が当該利益は「給与所得」に該当するとの判断を示したため、本件でも所得区分の誤りを理由とする修正申告及び過少申告加算税の賦課決定がなされた。
あてはめ
本件において、ストックオプションの行使利益の所得区分については、長らく一時所得とする運用が定着しており、国税当局も執拗にその旨の指導を行っていた。納税者がこれら当局の公表した公的な見解を信頼し、それに依拠して申告を行ったことは、当時の状況に照らせば極めて合理的といえる。その後、最高裁により給与所得であるとの新たな法的判断が示されたとしても、当初の申告時点において納税者が将来の判例変更を予見して給与所得として申告することを期待するのは困難である。したがって、納税者が当局の解釈を信頼したことには「真に責めに帰すべきでない客観的な事情」があるといえる。
結論
納税者が過少申告をしたことについて「正当な理由」があるものと認められ、過少申告加算税の賦課決定処分は違法として取り消されるべきである。
実務上の射程
本判決は、単なる法令の不知や誤解では「正当な理由」を認めない原則を維持しつつ、当局の解釈・指導が長年一貫しており、かつそれが後に司法判断で覆されたという特段の事情がある場合に限り、納税者の信頼を保護する枠組みを示したものである。
事件番号: 平成17(行ヒ)96 / 裁判年月日: 平成18年11月16日 / 結論: その他
納税者が平成１１年分の所得税の確定申告において勤務先の日本法人の親会社である外国法人から付与されたストックオプションの権利行使益を一時所得として申告したところ，同権利行使益が給与所得に当たるとして増額更正がされた場合において，(1)外国法人である親会社から日本法人である子会社の従業員等に付与されたストックオプションに係…
事件番号: 平成24(行ヒ)408 / 裁判年月日: 平成27年6月12日 / 結論: その他
１ 匿名組合契約に基づき匿名組合員が営業者から受ける利益の分配に係る所得は，①当該契約において，匿名組合員に営業者の営む事業に係る重要な意思決定に関与するなどの権限が付与されており，匿名組合員が実質的に営業者と共同して事業を営む者としての地位を有するものと認められる場合には，当該事業の内容に従って事業所得又はその他の各…
事件番号: 平成11(行ヒ)169 / 裁判年月日: 平成16年7月20日 / 結論: 破棄自判
法人税法（平成１５年法律第８号による改正前のもの）２条１０号に規定する同族会社に当たる有限会社の代表者で出資持分の大半を有する社員が，同会社に対して３４５５億円を超える金員を無利息，無期限，無担保で貸し付けたことに所得税法（平成１３年法律第６号による改正前のもの）１５７条の規定を適用され，利息相当分の雑所得があるとして…
事件番号: 平成16(行ヒ)86 / 裁判年月日: 平成18年4月25日 / 結論: その他
１ 納税申告手続を委任された税理士が納税者に無断で隠ぺい，仮装行為をして過少申告をした場合において，納税者が同税理士を信頼して適正な申告を依頼し，納税資金を交付したにもかかわらず，同税理士が上記行為をして納税資金を着服したものであり，納税者において同税理士が隠ぺい，仮装行為を行うことを容易に予測し得たということはできず…